Các mối đồng minh
Trung Đông
Ngay cả sau chiến dịch ở Ai Cập, Napoléon vẫn tiếp tục ấp ủ
một kế hoạch lớn lao là thành lập một sự hiện diện của Pháp ở Trung Đông. Một mối
đồng minh với các cường quốc Trung Đông sẽ là lợi thế chiến lược gây sức ép cho
Nga ở biên giới phía Nam của nước này. Từ 1803, Napoléon tiến những bước đáng kể
trong cố gắng thuyết phục Đế quốc Ottoman chiến đấu chống lại Nga ở bán đảo
Balkan và gia nhập liên minh chống Nga của ông.
Napoléon gửi tướng Horace Sebastiani sang làm đặc sứ, hứa hẹn
sẽ giúp đỡ Đế quốc Ottoman khôi phục những lãnh thổ đã mất. Tháng Hai năm 1806,
sau chiến thắng của Napoléon ở Austerlitz và sự chia cắt sau đó của Đế quốc
Habsburg, Hoàng đế Ottoman Selim III cuối cùng thừa nhận ngôi Hoàng đế của
Napoléon, chính thức chọn liên minh với Pháp như "người đồng minh thân thiết
và tự nhiên của chúng ta", đồng thời tuyên chiến với Nga và Anh.
Một liên minh Pháp-Ba Tư cũng được hình thành, trong thời
gian từ 1807 tới 1809, giữa Đế quốc Ba Tư của Fat′h-Ali Shah Qajar chống Nga và
Anh. Liên minh này chấm dứt khi Pháp bắt tay với Nga và chuyển trọng tâm sang
các chiến dịch châu Âu.
Chiến tranh với Liên
minh thứ tư
Liên minh thứ tư được thành lập năm 1806, và Napoléon đánh bại
quân Phổ trong trận Jena-Auerstedt vào tháng Mười. Ông hành quân vượt Ba Lan để
đương đầu với quân Nga đang tiến sang và hai bên có đụng độ đẫm máu tại trận
Eylau ngày 6 tháng hai năm 1807 nhưng bất phân thắng bại.
Sau một thắng lại quyết định tại trận Friedland, ông kí các
Hiệp ước Tilsit bao gồm một văn bản với Nga hoàng Aleksandr I phân chia lục địa
giữa hai cường quốc này; một văn bản khác với Phổ tước một nửa lãnh thổ nước
này. Napoléon đặt các nhà cai trị lên ngai vàng các bang nước Đức, bao gồm người
em Jérôme làm vua của Vương quốc Westfalen mới lập. Trong vùng Ba Lan mà Pháp
kiểm soát, ông lập nên Công quốc Warszawa dưới quyền Vua Friedrich August I của
Sachsen.
Với các chiếu chỉ Milano và chiếu chỉ Berlin, Napoléon nỗ lực
tăng cường một sự tẩy chay thương mại khắp châu Âu đối với Anh mang tên Hệ thống
Lục địa. Đạo luật chiến tranh kinh tế này không thành công, bởi nó khuyến khích
các thương gia Anh buôn lậu vào châu Âu lục địa, và nhân viên cưỡng bách thuế
quan độc quyền của Napoléon không thể ngăn họ lại
Chiến tranh Bán đảo.
Vì Bồ Đào Nha không tuân theo lệnh phong tỏa lục địa nên
Napoléon phải cất quân chinh phạt vào năm 1807 với sự hỗ trợ của Tây Ban Nha.
Dưới chiêu bài tăng cường cho quân đội Pháp - Tây Ban Nha chiếm đóng Bồ Đào
Nha, Napoléon xâm lược luôn cả Tây Ban Nha, phế Carlos IV rồi đưa anh trai của
mình là Joseph Bonaparte lên ngôi, đồng thời đặt em vợ là Joachim Murat lên cầm
quyền thay Joseph ở Napoli. Điều này đã dẫn đến sự kháng cự mạnh mẽ của quân đội
và thường dân Tây Ban Nha gây nên cuộc khởi nghĩa Dos de Mayo.
Ngày thứ 2 tháng 5 năm 1808, quân Mamluk xung kích, một bức
họa của Francisco Goya
Ở Tây Ban Nha, Napoléon còn phải đối mặt với một loại hình
chiến tranh mới, chiến tranh du kích , trong đó cư dân địa phương, hưởng ứng chủ
nghĩa ái quốc và tinh thần tôn giáo, tham gia vào cuộc chiến. Loại hình bước đầu
của chiến tranh nhân dân này bao gồm nhiều hình thức chiến đấu cường độ thấp
(quấy rối, phá hoại, nổi dậy vũ trang...) và trợ giúp cho quân đội chính quy những
nước đồng minh với Tây Ban Nha. Sau khi quân Pháp đồn trú buộc phải rút khỏi
nhiều phần đất nước này, Napoléon nắm quyền chỉ huy trực tiếp, đánh bại quân
Tây Ban Nha. Ông chiếm lại Madrid, đánh bật một đội quân Anh tới cứu viện và đẩy
lui họ khỏi bờ biển . Tuy vậy, trước khi người dân Tây Ban Nha chịu khuất phục
hoàn toàn, nước Áo lại đe dọa chiến tranh, buộc Napoléon phải quay về Pháp.
Cuộc chiến tranh trên bán đảo Iberia tốn kém và thường đẫm
máu vẫn tiếp tục khi Napoléon vắng mặt. Trong cuộc vây hãm Zaragoza lần thứ
hai, gần như toàn bộ thành phố bị phá hủy và hơn 5 vạn người bỏ mạng. Mặc dù
Napoléon để 30 vạn quân tinh nhuệ ở lại Tây Ban Nha để chống lại quân du kích
cũng như liên quân Anh-Bồ Đao Nha dưới sự chỉ huy của Công tước Wellington,
nhưng sự kiểm soát của Pháp ngày một suy yếu.
Sau khi phía đồng minh giành thắng lợi, cuộc chiến kết thúc
sau khi Napoléon thoái vị vào năm 1814. Napoléon mô tả cuộc chiến tranh Bán đảo
là trung tâm của sự thất bại chung cuộc của mình. Ông đã viết trong hồi ký:
"Cuộc chiến tranh bất hạnh đó đã hủy diệt tôi...Tất cả...những tai họa của
tôi bị buộc chặt với nút thắt định mệnh đó".
Chiến tranh Liên minh
thứ năm và tái hôn
Tháng Tư 1809, Áo bất ngờ phá vỡ liên minh với Pháp, tham
gia vào Liên minh thứ năm chống Pháp. Napoléon buộc phải nắm quyền chỉ huy các
lực lượng ở mặt trận Danube và Đức. Sau những thắng lợi ban đầu, quân Pháp vấp
phải khó khăn trong việc vượt qua sông Donau và thất bại vào tháng Năm trong trận
Aspern-Essling gần Viên. Người Áo đã bỏ lỡ lợi dụng tình thế, để cho Napoléon
có thể tập hợp lại lực lượng. Ông đánh bại quân Áo trong trận Wagram, và Hiệp ước
Schönbrunn được kí giữa Pháp và Áo. Tuy thắng lợi nhưng thiệt hại nặng nề trong
trận Wagram đã chứng tỏ những suy sút của quân đội Pháp.
Vương quốc Anh vẫn chống Pháp và có vài trận thắng trên biển.
Trên lục địa châu Âu, Anh chỉ hỗ trợ cuộc chiến trên bán đảo Iberia và gửi một
đoàn quân viễn chinh gồm 40.000 người tới Walcheren (vùng Zeeland, Hà Lan) từ
30 tháng 7 tới 10 tháng 12 năm 1809 để tấn công căn cứ hải quân Antwerpen của
Pháp và để chia cắt lực lượng Pháp nhằm giúp Áo nhưng cuối cùng phải rút lui
khi Napoléon đem quân tăng viện.
Ông đồng thời sáp nhập lãnh thổ của Giáo hoàng bởi Giáo hội
từ chối ủng hộ Hệ thống Lục địa; Giáo hoàng Piô VII đáp trả bằng cách rút phép
thông công vị hoàng đế Pháp. Sau đó một số sĩ quan của Napoléon bắt cóc Giáo
hoàng, Napoléon tuy không ra lệnh trên nhưng khi biết sự việc cũng không cho thả
Piô. Giáo hoàng bị chuyển đi khắp các lãnh thổ của Napoléon và Napoléon đã gửi
các phái đoàn tới gây áp lực buộc ông trên các vấn đề bao gồm thỏa thuận về một
giáo ước mới với nước Pháp, điều Piô từ chối. Năm 1810 Napoléon kết hôn với nữ
Đại công tước Marie Louise của Áo, sau khi ông ly dị với Joséphine; điều này
gây thêm căng thẳng với Giáo hội, và mười ba Hồng y đã bị tống giam do vắng mặt
tại lễ cưới. Giáo hoàng tiếp tục bị giam cầm trong 5 năm và không trở về Roma
cho đến tháng Năm 1814.
Napoléon chấp nhận việc Bernadotte, một trong các thống chế
của ông được bầu làm người thừa kế ngai vàng Thụy Điển vào tháng Mười một 1810.
Ông thường chiều Bernadotte bất chấp những sơ suất của viên tướng này vì
Bernadotte cưới hôn thê cũ của ông là Désirée Clary nhưng về sau hối hận cả đời
khi Bernadotte đem Thụy Điển liên minh với các kẻ thù của Pháp trong Liên minh
thứ sáu và trở thành một trong những đối thủ đáng ngại nhất của ông.